Daftar Universitas Jurusan PENDIDIKAN AGAMA ISLAM Terbaik di Yogyakarta
Daftar Perguruan Tinggi, Universitas dengan Jurusan / Program Studi Pendidikan Agama Islam terbaik di Yogyakarta dengan Peringkat Unggul dan Peringkat A, hasil Akreditasi Program Studi terbaru dari BAN-PT.
| Universitas Alma Ata UAA – Bantul | Swasta | Pendidikan Agama Islam | S1 | A |
| Universitas Ahmad Dahlan UAD – Yogyakarta | Swasta | Pendidikan Agama Islam | S1 | A |
| Universitas Ahmad Dahlan UAD – Yogyakarta | Swasta | Pendidikan Agama Islam | S2 | A |
| Universitas Islam Indonesia UII – Yogyakarta | Swasta | Pendidikan Agama Islam | S1 | A |
| Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta | Negeri | Pendidikan Agama Islam | S1 | A |
| Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta | Negeri | Pendidikan Agama Islam | S2 | A |
| Universitas Muhammadiyah Yogyakarta UMY | Swasta | Pendidikan Agama Islam | S1 | A |